[เม้ามอยเปเปอร์] ความหลากหลายของโพรโทซัวในโรงฆ่าสัตว์

อ่านเปเปอร์แล้วอยากเม้ามอยครับ คนศึกษาทางด้านสาหร่ายและโพรโทซัวในที่นี้มีน้อยเหลือหลาย ประมาณว่าอยากมีส่วนร่วมบ้าง มาเข้าเรื่องกันดีกว่า

อ้างอิง
Vaerewijck, M.J.M., Sabbe, K., Baré, J., and Houf, K. 2008. Microscopic and molecular studies of the diversity of free-living protozoa in meat-cutting plants. Applied and Environmental Microbiology 74: 5741–5749.

เปเปอร์นี้นักวิจัยเขาก็ได้ศึกษาความหลากหลายของ free-living protozoaคือโพรโทซัวที่ไม่ใช่ปรสิตสามารถอยู่ได้ด้วยตัวเอง ซึ่งโพรโทซัวบางชนิดที่เป็น free-living นั้นเนี่ย เขาไม่ได้ทำให้ก่อเกิดโรค แต่เขาเป็นพาหะนำโรคที่ติดมาด้วยต่างหาก อาจจะมีแบคทีเรียบางชนิดเกิดภาวะอยู่ร่วมกันsymbiontก็เป็นได้ นักวิจัยก็ทำการศึกษาด้วยวิธีการทางจุลวิภาคศาสตร์ (ใช้กล้องจุลทรรศน์) กับวิธีการทางชีวโมเลกุล (ขอเรียกสั้นๆว่า โมเลค) จากโรงฆ่าสัตว์ (โรงเชือดนั่นเอง) โดยเขาจะทำการเก็บตัวอย่างมาแล้วก็มาใส่ในอาหารเลี้ยง ทำไมต้องทำแบบนั้นด้วย? คือแบบนี้ครับสมมติว่าเราเก็บตัวอย่างโพรโทซัวมาแต่แรก บางทีเราอาจจะยังไม่ทันได้เห็นตัวที่เราเรียกว่าเป็น hidden-speciesคือเขายังไม่พร้อมจะโตให้เราเห็น เราก็เอามาเลี้ยงด้วยอาหารเลี้ยงเพื่อที่ว่าจะได้มีตัวที่จริงๆ แล้วมีอยู่แต่เราไม่เห็นในตอนแรกเขาได้รับอาหารแล้วจะเจริญออกมาให้เห็นแล้วจึงมาทำobserveภายใต้กล้องจุลทรรศน์ด้วย แล้วก็เอาไปทำโมเลคด้วย (เหมือนความรักที่เหมือนผี รู้ว่ามีแต่ไม่เคยเจอ ต้องออกตามหาตามล่อให้ออกมา)

Comments

ความเห็นที่ 1

มาดูที่ขั้นตอนการวิจัยกันดีกว่า

ขั้นแรกเลยนักวิจัยก็เริ่มทำการเก็บตัวอย่างจากโรงฆ่าสัตว์ทั้ง 5แห่งได้แก่โรงA B C D E ครับ โดย A เป็นโรคเชือดน้องวัว B และ Cเป็นโรคเชือดน้องหมู ส่วน D กับ E เป็นโรคเชือดน้องวัว น้องหมูและน้องเป็ดน้องไก่ครับ ซึ่งจะเห็นว่าเนื้อสัตว์เพื่อการบริโภคทั้งสิ้น โดยการเก็บตัวอย่างแต่ละโรงเชือดนั้นจะเลือกเก็บจากบริเวณต่างๆ ของโรงเชือด โดยแบ่งออกเป็น 3ส่วนคือส่วนที่มีการสัมผัสกับเนื้อสัตว์โดยตรง เช่น สายพานลำเลียงและโต๊ะเชือด และส่วนที่ไม่ได้สัมผัสกับเนื้อสัตว์โดยตรง เช่น เพดาน เครื่องทำความเย็น ท่อระบายน้ำ ประตูและส่วนอื่นๆ เช่น เศษเนื้อ ระบบลำเลียงน้ำ ซึ่งอุปกรณ์การเก็บตัวอย่างนั้นก็แตกต่างกันออกไปกับบริเวณที่เก็บมีตั้งแต่ตัวอย่างที่ใช้คัดตอนบัด (cotton wool) ป้ายเก็บขึ้นมา ตัวอย่างที่เป็นของเหลว เศษเนื้อ รวมไปถึงน้ำประปาที่ใช้ เป็นต้น หลังจากที่ได้ตัวอย่างแล้ว นักวิจัยเขาก็เอาตัวอย่างที่ได้มาเลี้ยงในอาหารเลี้ยง ซึ่งอาหารเลี้ยงที่ใช้คือ Page’s amoeba saline solutionผสมกับเมล็ดข้าวใน petri dish (จานแก้ว) แล้วนำไปเพาะฟักในเครื่อง incubator ที่อุณหภูมิประมาณ5องศาเซลเซียสเป็นเวลา 7 วัน ก่อนทำการส่องใต้กล้องจุลทรรศน์ (แต่จริงๆ แล้วระหว่าง7 วันนี้นักวิจัยเองก็ส่องทุกวันเหมือนกัน) โดยทำการส่องจากจากแก้วนั้นภายใต้กล้องจุลทรรศน์ชนิด inverted light microscope (คืออย่างนี้ครับ invertedจะมีข้อดีคือไม่ต้องมาหยดลงบนสไลด์ก็จะเห็นได้เลยว่าเจอตัวอะไรบ้าง เห็นพื้นที่กว้างกว่า) 
#หน้าตาของ Inverted light microscope ครับ (ที่มา http://en.wikipedia.org/wiki/File:Inverted_Microscope.jpg)

ความเห็นที่ 2

จากนั้นจึงตัวอย่างไปสกัด DNA แล้วเอา DNA ที่สกัดได้ไปเก็บที่อุณภูมิ-20 องศาเซลเซียสเพื่อป้องกันการเสื่อสภาพ จากนั้นจึงนึกมาทำ PCR (PCR คือเทคนิคที่ใช้ในการเพิ่มปริมาณ DNA ที่เราสนใจ) ซึ่งเขาก็ใช้ primer ที่เขาออกแบบมา (ถ้างง ข้ามไปก็ได้ครับ เอาเป็นว่าเขาทำ PCR อยู่ก็แล้วกัน) จากนั้นก็ทำ DNA ที่เพิ่มมาได้จากการทำ PCR ไปรันเจล (GEL ELECTROPHORESIS) วิธีที่ใช้ในเปเปอร์นี้คือ DGGE (Denaturing gradient gel electrophoresis) เอาเป็นว่ามันคือวิธีการรันเจลแบบหนึ่งละกันครับ หลังจากที่ทำแล้วก็จะได้มาซึ่ง “ลายพิมพ์ดีเอ็นเอ” ซึ่งเป็นเหมือนลายนิ้วมือซึ่งจะใช้แยกสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดได้ ซึ่งพอรันเจลออกมา แบน (band) ไหนที่ดูแล้วน่าจะเป็นแบนลายพิมพ์ของ หมู ไก่ เป็ด วัว ก็จะไม่นับเอาออกไป เอาเฉพาะลายพิมพ์ของของตัวที่เป็นโพรโทซัว เขาก็จะเอาลายพิมพ์ที่ได้ไปสกัดแล้วละลายเจลที่มีลายพิมพ์นั้นด้วย TE Buffer (เป็นสารเคมีที่เขาใช้ในการละลายเจลเพื่อให้ได้ของที่ต้องการละกันครับ) หลังจากนั้นก็เอาไปวิเคราะห์ลำดับเบสบนดีเอ็นเอจากลายพิมพ์ที่ได้ แล้วนำลำดับเบสที่ได้ไปเทียบใน GenBank(ศูนย์รวมลำดับเบสดีเอ็นเอ ประมาณนั้น) ว่าตรงกับตัวอะไรบ้าง (ถ้าไม่ตรงก็อาจจะเป็นชนิดใหม่ก็ได้) 
#หน้าตา Gel electrophoresis ครับ (ที่มา http://en.wikipedia.org/wiki/File:Gel_electrophoresis_apparatus.JPG) หน้าตาของ band ที่ได้ครับ เมื่อถ่ายภาพมาจะได้ประมาณนี้ (ที่มา http://en.wikipedia.org/wiki/File:DNAgel4wiki.png)

ความเห็นที่ 3

ทีนี้เรามาดูผลที่ได้กัน จากการสำรวจนักวิจยแบ่งโพรโทซัวออกเป็น 3กลุ่มตามลักษณะการเคลื่อนที่ ได้แก่ flagellate (มีหนวด) ciliate (มีขน) และ amoeba (เท้าเทียม) พบโพรโทซัว50.5%ของตัวอย่าง 105 ตัวอย่างเป็นผลบวก(+) ซึ่งในเศษเนื้อพบโพรโทซัวในทุกตัวอย่างที่เก็บมาเลยทีเดียว แต่ก็ไม่ใช่ว่าเปเปอร์นี้จะเน้นแต่โมเลคนะครับ ยังเอาผลที่ได้จากการส่องกล้องจุลทรรศน์มาเล่นด้วย ความหลากหลายของโพรโทซัวจากโรงเชือด C A และ B มีมากกว่าโรงเชือด D และ E อย่างมีนัยสำคัญ โรงเชือด C  พบ 37 morphospecies, including 16 identified morphospecies)  โรงเชือด A  พบ 22 morphospecies, including 14 identified morphospecies โรงเชือด B  พบ 22 morphospecies, including 9 identified morphospeciesโรงเชือด D พบ 18 morphospecies, including 7 identified morphospecies)  และโรงเชือด E (13 morphospecies, including 10 identified morphospeciesซึ่งความหลากหลายของโพรโทซัวที่พบมีเยอะเกินว่าผมจะไฟท์มาพิมพ์ให้อ่านกัน ซึ่งตัวหลักๆ ที่พบก็ได้แก่ Vorticella spp., Colpoda steiniiBodo saltans และ Cochliopodium actinophorumเป็นต้น จะเห็นว่าโรงเชือดE นั้นพบความหลากหลายของโพรโทซัวต่ำสุด แล้วอย่างไร? นักวิจัยเขาไม่ได้ทำแค่ส่องกล้องกับโมเลคครับ เขายังตรวจสุขอนามัยของโรงเชือดด้วย ผลคือโรงเชือด A-D ไม่ไหวจะเคลียร์ ส่วน E มีสุขอนามัยที่ดีสุดครับ จึงสอดคล้องกัน
#ตัวอย่าง Vorticella spp. (ที่มา http://en.wikipedia.org/wiki/File:Vorticella_w1.jpg) เป็นโพรโทซัวที่มีลักษณะคือรูปร่างคล้ายกระดิ่งและจะมีก้านยึดติดกับวัตถุตามแหล่งน้ำ พบได้ัทั่วไป (เป็นพวก ciliate - มีขน) #ตัวอย่าง Bodo saltans ที่มา http://protist.i.hosei.ac.jp/pdb/images/Mastigophora/Bodo/sp_2b.html) เป้นโพรโทซัวที่มีขนาดเล็กมาก รูปร่างลักษณะคล้ายเมล็ดมีแฟลกเจลลาด้านหน้าและด้านหลัง (เป็นพวกมีหนวด -flagellate)

ความเห็นที่ 4

ทีนี้มาดูกันครับว่าที่เรารันเจลมาลักษณะมันเป็นอย่างไร นักวิจัยเขาก็รันโดยใช้ primer2 ตัวครับ คือ Euk1A – Euk516r(ภาพA)และ F1427GC – R1616(ภาพB)  (งงก็ข้ามไปครับ) โดยให้มองเป็นคู่ครับ ช่องซ้ายคือแบนที่ได้จากการเพาะเลี้ยง ส่วนช่องขวาคือแบนที่ได้จากการเก็บตัวอย่างแล้วมาทำเลย จะเห็นว่าข้อดูของการเพาะเลี้ยงก่อนมาทำคือจะได้โพรโทซัวชนิดที่ไม่ปรากฏให้เห็นแต่แรกแล้วรันเจลหรือไม่สามารถสังเกตให้เห็นได้ใต้กล้องจุลทรรศน์ได้
จาก310แบนพบว่าเป็นแบนของโพรโทซัว 107แบน พวกเชื้อรา(fungi) 102แบน และMetazoa17แบน (อาจจะเป็นพวกหนอนตัวกลมหนอนตัวแบน)
#ภาพ A และภาพ B  (ที่มา จากเปเปอร์เลยครับ)
picture1.jpg picture2.png

ความเห็นที่ 5

จากเปเปอร์นี้ก็จะเห็นว่าแต่ละวิธีการมีข้อดีข้อเสียหลายอย่าง ยังไงกันบ้าง?
#การเพาะเลี้ยงก่อนทำการศึกษา – พบชนิดที่เพิ่มขึ้น แล้วถามว่าทำไมต้องทำตั้งแต่วันที่1 ที่ทำการเก็บตัวอย่างทันทีเลย แล้วทำไมต้องทำตั้งแต่วันที่1- 7 เพราะว่าโพรโทซัวบางชนิดเราก็เอามาเลี้ยงให้ได้ไม่รอดครับ ทำตั้งแต่วันที่ 1 – 7 จะเห็นว่ามีชนิดของโพรโทซัวที่แตกต่างกัน (รายงานว่าทำแค่ 7 วัน แต่ในความเป็นจริงน่าจะมากกว่านั้นแต่วันต่อๆ ไปไม่พบอะไรแถมที่เพาะไว้ตายหมดอีก –ประสบการณ์ตรงจากผมเอง)
#การใช้primer2ชนิด คือทำให้ primer สามารถเข้าจับได้ดีมากขึ้น ให้ผลที่มีประสิทธิภาพครับ
การใช้DGGEในการรันเจล ให้ผลที่อาจจะ overestimateมากไปเสียหน่อยเพราะอะไร ไว้จะอธิบายทีหลังนะครับค่อนข้างยาวอยู่

เปเปอร์ประมาณนี้น่ามีการทำในไทยบ้าง... แต่ถ้าทำไปจะโดนสั่งเก็บไหมนะ... เพราะอาจจะกระทบต่ออุตสาหกรรมในไทยเราเองด้วย~

เปเปอร์นี้สอนให้รู้ว่า
#ในอาหารมีสิ่งมีชีวิตที่เราอาจจะไม่ต้องการติดมาด้วยเสมอ เพราะฉะนั้นปรุงอาหารให้สุกก่อนรับประทานนะครับ
#การทำวิจัยให้ได้มีประสิทธิภาพด้านอนุกรมวิธาน บางทีการใช้โมเลคมาเป็นtoolอาจจะช่วยให้ได้ผลการศึกษาที่กระจ่างชัดมากขึ้น แต่โมเลคก็ไม่ใช่ทุกอย่าง :)
ผมเห็นว่าเปเปอร์นี้อาจจะมีประโยชน์ อาจจะเห็นว่าอาจจะเป็นในทาง molecular จ๋าไปสักหน่อย แต่ผมเห็นว่าน่าจะนำมาปรับใช้กับสัตว์หรือพืชชนิดอื่นๆ ที่เราสนใจอยู่ได้ :)

ผมไม่ได้ตั้งกระทู้มาเป็นปี มาทีเดียวก็สาดเสียยาวเลย

ความเห็นที่ 6

พี่ไม่เพิ่มพวกโปรโทซัวลงใน si ด้วยล่ะครับ โล่งเชียวนะ.

ความเห็นที่ 6.1

ส่วนมากเป็นรูปใช้ใน THESIS กับเขียนหนังสือครับ รอหนังสือออกก่อนจะมาลงให้นะ ใกล้แล้วๆ

ความเห็นที่ 6.2

ส่วนมากเป็นรูปใช้ใน THESIS กับเขียนหนังสือครับ รอหนังสือออกก่อนจะมาลงให้นะ ใกล้แล้วๆ

ความเห็นที่ 7

โมเลกุลา...ช่างน่ากลัวจริงๆ  ^^
เดี๋ยวเราจะเอาบ้าง โฮะๆ

ความเห็นที่ 7.1

เร็วเข้า รออยู่นา เปเปอร์ที่ 2 กำลังจะทำแล้วละ เกี่ยวกับการย้ายสกุลของ Porphyra spp.

ความเห็นที่ 7.1.1

ไม่ค่อยเห่อเลยนะ พ่อคู้ณณณณณณ

ความเห็นที่ 7.1.1.1

อ่านแล้ว โมเลค + phylogeny อีก อ่านเองยังงงเลย = = เปลี่ยนละ งง

ความเห็นที่ 8

แจ้งลบ เนื่องจากกระทบกระเทือนจิตใจ จากรูป Gel 

ความเห็นที่ 9

ขอบคุณมากคะ พอดีอ่านเปเปอร์นี้อยู่แต่ยังงง เพราะภาษาที่เราแปลละมั้ง 
ได้เข้ามาอ่านแล้ว พอเป็นแนวทางคะ
พอดีว่าทำเรื่องเกี่ยวกับโพรโทซัวในดินนะคะ เป็นประโยชน์จริงๆ